1947-ben a CE Szövetséget állami nyomásra feloszlatják, így 1990-ig illegálisan működik. Az 50-es, 60-as évek sötét kommunizmusának időszakában koncepciós perekre kerül sor, amelyekben börtönre ítélnek református és egyéb felekezetű lelkészeket, akik megszegik a gyülekezési tilalmat és a törvényes következményekkel nem számolva hirdetik az evangéliumot. Ezek között van: Boda Sámuel, Dézsi Zoltán, Fekete János, id. Püsök Miklós, Richard Wurmbrand, id. Szilágyi Sándor, Visky Ferenc.